Tháp được các chuyên gia trùng tu lại vào những năm 1990, đã trả lại cho ngôi tháp hình dáng gần như xưa. Cả hai ngôi tháp nằm trên khu đất bằng phẳng dưới chân một quả đồi và đều quay mặt về hướng nam, tuy có cùng hình dáng và cấu trúc là than hình khối vuông và mái hình tháp mặt cong nhưng ngôi tháp phía bắc cao hơn tháp phía nam

Theo truyền thống các cụm tháp Chăm Pa cổ thường có ba tháp, nhưng hiện tại chỉ có hai tháp, theo các nhà nghiên cứu, ngôi tháp thứ ba chuẩn bị xây dựng thì có nguyên nhân chưa biết được làm cho việc xây dựng tháp thứ ba bị gián đoạn

Trong hai ngôi tháp hiện còn của Tháp Đôi, ngôi tháp phía bắc không chỉ cao hơn, lớn hơn mà còn ít bị hư hại hơn, cửa ra vào phía đông tháp bị đổ nát từ lâu, chỉ còn cái khung cửa hình chữ nhật tạo bởi bốn thanh đá lớn là còn lại. Ngôi tháp phía nam có hình dáng, cấu trúc và trang trí giống như ngôi tháp phía bắc nhưng nhỏ hơn và thấp hơn một chút, toàn bộ phần chân tường của ngôi tháp đã bị đổ nát nặng nề, đến nỗi khó có thể nhận ra hình dáng lúc đầu của cấu trúc này như thế nào, hiện nay cả hai ngôi tháp đều đã mất chóp